O&O Defrag unterstützt alle Dateisysteme von Windows. Jedes dieser Dateisysteme wird in den folgenden Abschnitten behandelt.
| Dateisystem | Erklärung |
| exFAT | Ab Windows Vista wird das exFAT-Dateisystem unterstützt, dass von Microsoft speziell im Hinblick auf Flash-Laufwerke entworfen wurde. Es liefert eine bessere Performance als FAT und ist dabei deutlich besser gegen strukturelle Schäden am Dateisystem und gegen Datenverlust abgesichert. |
| FAT | Das älteste aller Windows-Dateisysteme ist FAT, dessen Wurzeln auf MS-DOS zurückgehen. Es wird nativ von Windows unterstützt. Der Einsatz von O&O Defrag auf FAT-Laufwerken ist problemlos möglich. |
| FAT32 | FAT32 ist das native Dateisystem von Windows 95b/98/Me. Es bietet einige Vorteile gegenüber dem älteren FAT. FAT32-Laufwerke werden von Windows standardmäßig unterstützt und können mit O&O Defrag problemlos defragmentiert werden. |
| NTFS | Das NT-Dateisystem (NT File System) wurde für die Windows-NT-Familie komplett neu entwickelt. Es bietet die Möglichkeit von Sicherheitsrestriktionen auf Dateiebene, erzielt eine höhere Sicherheit gegenüber Datenfehlern und erreicht eine hohe Performance. Es wird nativ von Windows unterstützt. O&O Defrag erreicht auf NTFS-Laufwerken die besten Defragmentierungsergebnisse. |
| EFS | Mit Windows 2000 wurde ein Dateisystem eingeführt, das auf NTFS basiert und höhere Datensicherheit im Falle von Missbrauch oder unautorisiertem Zugriff durch Verschlüsselung sicherstellt. Das Encrypted File System (EFS) macht Daten für nicht autorisierte Benutzer unlesbar. O&O Defrag unterstützt EFS-Festplatten, weder Datenintegrität noch Datensicherheit werden beeinträchtigt. |